A Mass Effect 3 lesz az utolsó alkalom a franchise történetében, amikor Shepard parancsnokot irányíthatjuk. Ezt a BioWare producere és közösségi menedzsere, Michael Gamble mondta el egy PC Gamer oldalnak adott interjújában.
Az elmondottakból nem derül ki biztosan, hogy vajon miért nem találkozhatunk többé a Normandia kapitányával, azonban annyit már tudunk, hogy amennyiben a játékos totálisan elcseszi a dolgokat, úgy a játék végére mindenki meghalhat, beleértve Shepard-et is.
Tehát a Mass Effect 3 végigjátszását követően, az elkövetkező játékokban már nem találkozunk a parancsnokkal, viszont arról nem esett szó, hogy esetleg valamelyik társával nem akadhatunk majd össze a későbbiekben.
A Mass Effect 3 megjelenése 2012. márciusában várható, PC-re, PS3-ra és XBOX360-ra.