Mivel a játék 2409-ben, azaz 30 évvel a Star Trek: Nemezis eseményei után játszódik, így a fejlesztők folyamatosan közlik honlapjukon a történet folytatását; jelenleg 2383-ig érhető el a leírás.

Figyelem, spoileres olvasmány!

Miután Picard klónja, Shinzon praetor meghalt Data önfeláldozásának köszönhetően, a romulán birodalom polgárháborúban szakadt ketté, miközben a klingonok elkezdték visszafoglalni a romulánok által korábban megszállt területeiket. A romulánok és vulkániak egyesítését célzó mozgalom ennek tükrében feladta az egyesítésre vonatkozó terveit. A Domínium elleni háborúban súlyos veszteségeket szenvedett Cardassiától Bajor a korábbi megszállás háborús bűnöseinek kiadatását követelte, ám ezek jelentős része eltűnt a birodalomból. A Föderáció döntésképtelennek tűnt; ugyan helytelenítette a klingonok akcióit a romulánok ellen, de nem volt határozott álláspontja a romulán polgárháborúval kapcsolatban és nem lépett fel a cardassiai-bajorán vitában sem - lévén erőinek jelentős részét lekötötte a megújult borg fenyegetés, a belpolitikát pedig a Voyager korábbi holodoktorával kapcsolatban felmerült kérdés uralta - miszerint önálló, értelmes lény-e a doktor, és ha igen, jogos-e a szabad mozgását lehetővé tevő mobil holotranszmitter elkobzása.