A Cryptic Studios a Star Trek Online hovatalos honlapján tovább haladt előre a nemezis című film és a játék kezdő időpontja közötti 30 éves időtartamot bemutató sorozat, ezúttal 2386 eseményeivel.
A Romulán Birodalomban vége a polgárháborúnak, ám kiderül, hogy a Romulus testvérbolygója, a Remus hamarosan felrobbanhat a dilítium túlbányászása miatt, így a rémánok kénytelenek új bolygóra költözni a bányászat folytatása érdekében. Eközben a romulán szenátus egyik befolyásos tagját és családját meggyilkolják, és a gyilkossággal gyanúsított vetélytársra halál vár...
A klingonok és a gornok határvillongása nyílt háborúvá fajul, amikor a klingon haderő leigáz egy gorn fennhatóság alá tartozó kolóniát. Worf hiába próbál békét teremteni... igaz, közben az esküvője is leköti. Nem mellesleg az esküvőn feltűnik egy évek óta halottnak vélt egykori Enterprise-tiszt...
A Föderáció sikeres egyezményt köt a kardassziaiakkal, amitől a Bajor és Kardasszia közötti feszültség feloldását várják. Az Enterprise-E felújítása is befejeződik, és a flotta zászlóshajója új küldetésekre indulhat, egy régi-új kapitány irányítása alatt.
A Ferenginaron Rom bevezeti az ingyenes oktatást, amivel tüntetéseket vált ki - egy ügyes trükkel azonban pont ezek a tüntetések finanszírozzák az iskolákat. Közben Odo megtalálja az Alfa Kvadránsban állomásozó Jem'Hadarokat és felkéri őket, hogy kísérjék el őt a Gamma Kvadránsba, de Lamat’Ukan, a Jem'Hadar vezető ezt visszautasítja és hamis istennek nevezi Odót...
